腸内細菌のほとんどは、酸素のない環境で生育する「偏性嫌気性菌」で培養が難しく、また、膨大な数の細菌で構成される複雑な生態系であることなどから研究はなかなか進んでいませんでした。

しかし近年、菌種の同定や遺伝子発現解析、機能解析などの技術が進歩したことで、腸内細菌を始めとするヒト常在菌がさまざまな疾患の発症や健康状態、ヒトの寿命にまで関与することが明らかになってきました。

例えば、腸内細菌は、ヒトが消化できない食物を分解して、ヒトが吸収可能な栄養素に変換し、免疫系を刺激して有害な細菌からカラダを守っています。腸内細菌叢が有益な働きを発揮し続けるためには、腸内細菌叢の良好なバランスを保ち続けることが重要です。